Nicolas Frutos a fait ses débuts en tant qu'entraîneur d'Anderlecht. Il a remporté trois de ses quatre matchs, mais a ensuite dû céder sa place à Hein Vanhaezebrouck.
D'après la presse argentine, il serait sur le point de devenir le nouveau coach d'un club argentin. Le président de Godoy Cruz, actuel 8e du championnat, a confirmé qu'il avait eu des discussions avec Frutos pour qu'il devienne le nouvel entraîneur du club.
Pour l'ancienne gloire du Sporting, ce serait une belle étape dans sa carrière d'entraîneur.