Nicolas Frutos n'a pas encore vraiment démarré sa carrière d'entraîneur. Il a travaillé quelques temps à Anderlecht (entraîneur des espoirs puis intérimaire chez les A), mais aussi en Argentine et au Chili. L'ancien attaquant aura peut-être l'occasion d'évoluer dans un grand club argentin.
Selon les médias argentins, Frutos négocie actuellement avec le club d'Independiente. C'est dans ce club que Frutos a fait fureur en tant qu'attaquant et qu'Anderlecht est ensuite allé le chercher pour 2,5 millions d'euros.
Frutos était en concurrence avec Diego Forlan (ex-Manchester United) et Esteban Cambiasso (ex-Real Madrid) mais aucun accord n'a été conclu avec ces deux derniers. Frutos a toujours indiqué qu'il aimerait un jour revenir à l'Independiente. Les conversations seraient très positives et il y a de bonnes chances que ce soit lui qui reprenne l'équipe.